Y kromozomu, iki eşey kromozomundan biridir. Bütün erkeklerde normalde "46, XY" normal karyotip olarak X kromozomuyla birlikte bulunur.

Eşey kromozomları insanlarda bulunan 23 homolog çiftin biridir. Y kromozomu, 58 milyon baz çifti ve erkek hücrelerindeki toplam DNA'nın %2,5'ini içerir.

Her insan normalde eşey kromozomlarından ikisini bulundurur. Kadınlar X kromozomuyla birlikte X'ten bir tane daha taşırlarken (46, XX), erkekler, X'in yanında Y kromozomunu (46, XY) bulundururlar. Babadan gelen Y kromozomu anneden gelen X kromozomuyla karşılıklı bilgi değiş tokuşu yapar. Y kromozomu daha kısa olduğundan X kromozomuyla karışmaz.